Eine gute bzw. die einzige vernünftige Möglichkeit MissingMethodExceptions und TypeLoadExceptions einer .NET Compact Framework Anwendung zu identifzieren ist das Loader Log. Dieses kann mittels der Registry aktiviert werden: Dazu sind folgende Schritte nötig:

1. CLR Logging aktivieren. Folgenden Wert auf 1 setzen:
HKLM\Software\Microsoft\.NETCompactFramework\Diagnostics\Logging\Enabled

2.Loader Log aktivieren. Folgenden Wert auf 1 setzen:
HKLM\Software\Microsoft\.NETCompactFramework\Diagnostics\Logging\Loader\Enabled

Im Prinzip reicht da schon aus. Das Logfile wird im Verzeichnis der Anwendung erstellt und heißt netcf_loader.log.
Empfehlenswert sind noch folgende zusätzlichen Einstellungen:

3.Anwendungsnamen im Logfile Namen (z.B.: netcf_myApp_loader.log. Nützlich wenn mehrere Anwendungen im gleichen Verzeichnis sind. Folgenden Wert auf 1 setzen:
HKLM\Software\Microsoft\.NETCompactFramework\Diagnostics\Logging\UseApp

4.Prozess Id im Logfile Namen. Folgenden Wert auf 1 setzen:
HKLM\Software\Microsoft\.NETCompactFramework\Diagnostics\Logging\UsePid

5. Log immer sofort schreiben. Nützlich wenn die Anwendung abstürtzt. Achtung, wirkt sich negativ auf die Performance aus. Folgenden Wert auf 1 setzen:
HKLM\Software\Microsoft\.NETCompactFramework\Diagnostics\Logging\Flush

Falls die genannten Registry Einträge noch nicht exisitieren, kann man diese einfach erstellen. Alle Werte sind vom Typ DWORD.

Mehr Informationen gibts im Blog von  Steven Pratschner und Dawid Kline.

More Information and an englisch description are posted on the blogs of Steven Pratschner and Dawid Kline.